นิวคลีโอไซด์

มีอีกโครงสร้างหนึ่งที่ควรจะรู้จักคือ นิวคลีโอไซด์ (nucleoside) ซึ่งก็คือสารที่ประกอบขึ้นจาก น้ำตาลเพนโทสกับเบสไนโตรเจนเท่านั้น มาเชื่อมต่อกันด้วยพันธะ ß -N- glycosidic ที่คาร์บอนตำแหน่งที่ ๑ ของน้ำตาล
ความสัมพันธ์ระหว่าง nucleotide กับ nucleotide อาจจำอย่างง่ายๆ เป็นสมการก็ได้คือ
pentose + purine(pyrimidine) = nucleoside
nucleoside + phosphate = nucleotide
เนื่องจากว่าน้ำตาลเพนโทสเป็นวงแหวนโมเลกุลที่มีอะตอม ๕ อะตอม ในส่วนของเบสไนโตรเจนนั้น เบสพิวรีนมีอะตอม ๙ อะตอมในวงแหวน เบสไพริมิดีนมี ๖ อะตอมในวงแหวน เมื่อมีการสร้างพันธะเคมีระหว่างน้ำตาลกับเบสไนโตรเจนขึ้นเป็นนิวคลีโอไซด์ ความยุ่งยากในการเรียกตำแหน่งอะตอมในโมเลกุลของทั้งสองโครงสร้างก็เกิดขึ้น เพื่อไม่ให้เกิดความสับสนจึงมีการตกลงกันว่า ตำแหน่งอะตอมในเบสไนโตรเจน ให้แทนด้วยตัวเลขธรรมดาคือ 1- 9 ในเบสพิวรีน และ 1 - 6 ในเบสไพริมิดีน ส่วนตำแหน่งอะตอมคาร์บอนในน้ำตาลเพนโทสนั้น ให้มีเครื่องหมาย " ′ " บนตัวเลข เช่น " คาร์บอนตำแหน่ง 5′ " เป็นต้น
จากนิวคลีโอไซด์ไปเป็นนิวคลีโอไทด์นั้นจะมีหมู่ฟอสเฟตเพิ่มขึ้นมา หมู่ฟอสเฟตนี้เกิดจากการสร้างพันธะเอสเธอร์ระหว่างกรดฟอสฟอริกกับหมู่ไฮดรอกซีที่คาร์บอนตำแหน่ง 5′ ของน้ำตาลไรโบส เราเรียกนิวคลีโอไทด์ที่มีหมู่ฟอสเฟตที่คาร์บอนตำแหน่ง 5′ นี้ว่า nucleoside-5′-monophosphate การเรียกชื่อนิวคลีโอไซด์และนิวคลีโอไทด์ จะเรียกผันตามชื่อของน้ำตาลและเบส